Odjel za pripremu i provedbu projekata Europske unije bavi se pripremom, prijavom i provedbom projekata financiranih iz europskih fondova. Odjel pruža stručnu i administrativnu podršku djelatnicima Sveučilišta u svim fazama projektnog ciklusa, od ideje do završnog izvještavanja. Odjel prati natječaje i pozive na financiranje, osigurava usklađenost projektnih aktivnosti s propisima Europske unije te surađuje s domaćim i međunarodnim partnerima. Njegova je uloga ključna u jačanju znanstvene, obrazovne i infrastrukturne djelatnosti Sveučilišta kroz korištenje dostupnih europskih sredstava.