Sveučilište je ustrojeno znanstveno­nastavnim sastavnicama (sveučilišni odjeli) te drugim sastavnicama i ustrojstvenim jedinicama.

Sastavnice su Sveučilišta odjeli koji su strukturirani po kriteriju klasifikacije znanosti, po područjima (društveno, humanističko, umjetničko i biotehničko) i poljima (ekonomija, odgojne znanosti) tako da se djelatnost povezuje u nastavnoj i istraživačkoj djelatnosti. Odjeli su strukturirani uvažavajući znanstvene i druge kriterije, ali i specifičnosti akademskoga i društvenoga konteksta Sveučilišta.

Sveučilište se organizira po principu integrirane strukture, primjenjujući odjelski tip organizacije sa zajedničkim službama, što omogućuje efikasan i kvalitetan način ostvarenja misije, ciljeva i strategije razvoja.

Fakulteti i Akademija

• Fakultet ekonomije i turizma "Dr. Mijo Mirković" u Puli
• Fakultet informatike u Puli
• Fakultet prirodnih znanosti u Puli
• Fakultet za odgojne i obrazovne znanosti u Puli
• Filozofski fakultet u Puli
• Medicinski fakultet u Puli
• Muzička akademija u Puli
• Tehnički fakultet u Puli

Ostale sastavnice

• Centar za kulturološka i povijesna istraživanja socijalizma
• Centar za kompetencije u obrazovanju
• Studentski centar Pula
• Sveučilišna knjižnica u Puli
• Sveučilišni računski i informacijski centar u Puli
• Centar za edukacijsku, istraživačku digitalnu tehnologiju i digitalno obrazovanje
• Evolve Uni Tech d.o.o.

Studiji pri sveučilištu:

• Dizajn i audiovizualne komunikacije